百种黄瓜重测序揭开进化及多样性谜题-技术前沿-资讯-生物在线

百种黄瓜重测序揭开进化及多样性谜题

作者:华大科技 2013-11-04T16:20 (访问量:4143)

  2013年10月21日,中国农业科学院基因组中心、深圳华大基因研究院等单位联合对115株黄瓜进行了深度重测序,并构建了包含360多万变异基因的遗传图谱,为全面了解黄瓜这一重要蔬菜作物的进化及多样性提供了新思路,并为如何利用遗传变异促进作物改良提供了指导意见。最新研究成果已于《自然•遗传学》杂志发表。

  黄瓜源自喜马拉雅山脉,本是印度境内土生土长的植物,如今却已成为品种多样,在世界范围内普遍种植的蔬菜。由于其易栽培,可终年养殖,且富含葡萄糖、维生素C和维生素G等营养元素得到大众的广泛喜爱。在科研上,黄瓜常被用来作为研究性别决定、维管束形成的重要模式系统。自2009年黄瓜基因组发表之后,科研人员对黄瓜展开了更深入的探索。

  在本研究中,来自中国农业科学院和华大基因的科研人员对115株黄瓜进行了重测序,并对一株野生黄瓜进行了从头(de novo)测序。他们共发现330多万个单核苷酸多态性位点(SNPs),33万多个小插入和删除(small insertion and deletions)和594个获得/缺失变异(PAVs)。基于这些所得数据,研究人员构建了一个全面的黄瓜遗传变异图谱。

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