http://www.cytoscape.org/选择下载 cytoscape 安装包。安装完毕，开始->程序->Cytoscape->Cytoscape，进入后可以看到初始的界面。
二、利用cytoscape画相互作用网络图
1、导入分析的数据：file->Import->Network from Table (Test/MS Excel)。
点击“select file(s)”选择“模式动物 miRNA 靶基因信号通路样本项目总结报告\GO_KEGG_Pathway_Result\Network_Result”目录，选择有意义的 GO 或者pathway 数据
选 中 后 返 回 导 入 数 据 界 面 ， 在 “ Source interaction ”选择“ Column 1 ”， “Target interaction”选择“Column 2”
然后点击右下方的“import”进入做图页面
2、 导入节点性质文件 主界面的右下角有一个文件夹图标
如下图的箭头所指。
点 击 后 找 到 “ 模 式 动 物 miRNA 靶 基 因 信 号 通 路 样 本 项 目 总 结 报 告\GO_KEGG_Pathway_Result\Network_Result\Node info ” 目 录 ， 分 别 选 择node.size.NA，node.fillColor.NA 和 node.shape.NA
这时主界面的图形样式为
3、组织节点，调整显示大小
如上图所示选择 layout->yFiles->Organic，网络图变成
用鼠标选定某个节点移动，然后把图片放大到合时大小
此时如果觉得满意， 就可以选择导出图片 ： File->Export->Network View as Graphics，保存到适当的位置。
4、图上添加标题
control panel 上选择 Editor，鼠标按住 Add a node 的圆，不 放开鼠标拉到 network 图上就可以看到增加了一个节点 node1
用右键点击这个节点，就可以选择修改这个节点的属性，比如 Node label 修改显示名字，Node size 修改大小等。
经过适当修改后即可得到
5、保存项目
主界面选择 File->Save 保存到合适的位置供后续调整或分析使用。
这就是这次的技能分享了，是不是顿时觉得又涨姿势了，需要的朋友可以马上用起来咯~
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